Ebenfalls eine bewährte Praxis beim E.ON Kassel Marathon ist die Unterstützung der German Doctors. Für jeden Arzt der German Doctors, der beim Marathon mitläuft, spendet der Energieversorger 100 Euro, die wiederum dem Charity-Projekt im Mathare Valley Slum in Nairobi (Kenia) zu Gute kommen. Damit ist der E.ON Kassel Marathon eine sehr nachhaltig orientierte Veranstaltung.